設備資源 Facilities

硬體資源 Hardware Facilities

  2012 IBM
刀鋒伺服器
2014 IBM
大型主機
2014
異質運算
2014
刀鋒伺服器
2014 NVIDIA
GPU 伺服器
2016
刀鋒伺服器
2017
刀鋒伺服器
2018 NVIDIA
GPU 伺服器
主機架構 Cluster SMP Cluster
硬體規格 48 計算節點
440 計算核心
主機兩台
單台80組計算核心
2TB記憶體
9 計算節點
6組 Phi7120
32 計算節點
640 計算核心
6 計算節點
6組 K40
6組 K80
34 計算節點
680 計算核心
32 計算節點
768 計算核心
4 計算節點
16組 V100
計算節點 HS23: E5-2630 2.3G 6C兩顆, 48G RAM
HS22: E5540 2.53G 4C兩顆, 28G RAM
HS21: E5335 2.0G 4C兩顆,12G RAM
X3850: E7-8870 2.40GHz 10C四顆, 2T RAM ESC4000: E5-2630v2 2.60GHz 6C兩顆, 128G RAM X240: E5-2670v2 2.50GHz 10C兩顆, 128G RAM ESC4000: E5-2630v2 2.60GHz BL460c G9: E5-2650 v3 2.30GHz 10C兩顆, 128G RAM BL460c G9: E5-2650 v4 2.20GHz 12C兩顆, 128G RAM Dell C4140: Gold 6130 2.10GHz 16C 兩顆, 128G RAM
網路連線 Gigabit Infiniband FDR 10 GbE Infiniband FDR
運算效能 4.2 TFlops (Rpeak) 3 TFlops (Rpeak) 7.2 TFlops (Rpeak) 12.8 TFlops (Rpeak) 26 TFlops (Rpeak) 24.4 TFlops (Rpeak) 27 TFlops (Rpeak) 131 TFlops (Rpeak)
排程軟體 Torque/Maui PBSPro
編譯程式 GCC, Intel GCC, Intel, PGI
適合應用 Sequential programs, OpenMP Large memory required programs, MPI, OpenMP Parallel programs, MPI, OpenMP Parallel programs, MPI, OpenMP, CUDA, OpenCL Parallel programs, MPI, OpenMP Parallel programs, MPI, OpenMP, CUDA, OpenCL
安裝軟體 Open Source Packages, VASP, Gaussian, R Tensorflow, Caffe, Torch, keras, NAMD, MDCS, VASP, GAUSSIAN, LAMMPS Open Source Packages, VASP, Gaussian, LS-DYNA, STATA, Quantum ESPRESSO, R Tensorflow, Caffe, Torch, keras, NAMD, MDCS, VASP, GAUSSIAN, LAMMPS

科學計算軟體列表-Free/Open

軟體名稱 適用領域
R 統計
WRF 大氣
OpenFOAM 流體力學
Freefem++ Partial differential equation solver
Mumax3 電磁模擬
Cress 大氣
MM5 大氣
Gromacs Molecular dynamics
NAMD Molecular dynamics
Octave Matlab like
ROMS Ocean Modeling
LAMMPS 分子動力學模擬
OPENMX 材料、化學
Caffe Deep Learning
Tensorflow Deep Learning
Keras DL 前端介面,適合Python呼叫
Quantum ESPRESSO Ab initio量子化學方法進行電子結構計算和材料建模

科學計算軟體列表-付費軟體

軟體名稱 適用領域
Gaussian 物理、光電、分子、量子化學
VASP 物理、奈米、原子結構.
VASP is not an open-source software, you have to purchase a valid license to use the software.
SAS 統計
Matlab 數學、科學計算
Discovery Studio 生物、藥學、分子模擬

軟體版權列表 Discovery Studio

模組名稱 功能領域 版權數目
Analysis 結構分析 2
Biopolymer 生物大分子結構建構 2
CHARMm 生化分子能量及動態運算 1
CHARMm Lite 生化對接分子能量最適化 2
LigandFit 結構對接 2
Ludi 藥效分子基團產生器 2
MODELER 自動化同源蛋白產生器 1
Protein Families 多源蛋白序列比對 1
Protein Health 預測性同源蛋白診斷分析 1
Sequence Analysis 序列比對分析工具 1
TOPKAT 3DQSAR毒性預測模組 1
LigandIScore 配體親和力計算 2
ProteinDock 蛋白質接合模組 1
LibDock 小分子接合模組 1
DS ADMET 化合物特性預測 1
ProteinRefine 蛋白質結構計算優化 1