利用蛋白質序列資訊以及二級結構比對資訊來進行蛋白質與DNA序列結合專一性殘基預測發現之研究

計畫名稱:利用蛋白質序列資訊以及二級結構比對資訊來進行蛋白質與DNA序列結合專一性殘基預測發現之研究

所屬單位:工科系

研究團隊:資訊網路實驗室

計畫主持人:黃乾綱

研究人員:柯佩均

資源需求:MPI

使用期間:2009/04~

研究主題:
利用蛋白質序列資訊以及二級結構比對資訊來進行蛋白質與DNA序列結合專一性殘基預測發現之研究

研究內容概述:
本研究主要是設計一個能從多肽序列擷取資訊的分類預測模型,用來預測轉錄因子上會與DNA之鹼基產生結合作用的殘基位置。 由於有大量轉錄因子在三級結構的表現上是屬於不穩定序(disordered)的狀態,因此若能只純粹利用序列上的資訊,進而預測轉錄因子與DNA之關鍵殘基,將有助於未來相關的應用。 有鑑於此,設計一個預測分類工具,使之有能力預測出蛋白質序列上與DNA序列進行專一性結合的殘基是有必要的。 本研究主要是利用現今所存最大的蛋白質資料庫Protein Data Bank(PDB)裡面所保存的所有蛋白質與DNA資料,我們獲得這些數以百萬計的資料來做一些電腦技術的分析取樣,取出那些有和DNA序列做結合性功能的蛋白質資料,進而做更進一步的資料整理使之方便建構我們所要的預測模型。由於這些資料需要耗費很多時間來分析擷取,所以需要藉助平行計算化的程式設計來幫助我們縮短進行時間。

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