Study of protein structural dynamics by computer simulation (conformational changes, protein misfolding, protein folding, protein aggregation...)

計畫名稱:Study of protein structural dynamics by computer simulation (conformational changes, protein misfolding, protein folding, protein aggregation...)

所屬單位:化工系

研究團隊:生物分子工程實驗室

計畫主持人:王勝仕

研究人員:林耿琦

資源需求:Discovery Studio, Fortran,gcc, c compiler, Gromacs, LamMPI, FFTW

使用期間:2009/06~

研究主題:
Study of protein structural dynamics by computer simulation (conformational changes, protein misfolding, protein folding, protein aggregation...)

研究內容概述:
在本文的研究中,我們利用牛頓力學的觀念來模擬分子體系的運動,主要探討protein conformational changes like folding, misfolding and aggregation. 從結果來計算系統的構型積分,並以構型積分的結果為基礎進一步計算系統的熱力學物理量及其他巨觀性質。首先我們必須確定蛋白質的起始結構,其資訊可根據核磁共振或X-ray研究所得到的結構資訊,進而利用Discovery Studio軟體建立出起始結構的模型,亦可從網路上download其他研究者釋出的蛋白質結構pdb檔(protein data bank)當成分子模擬的起始結構,接著設定系統的環境變數,提供分子起始速度,之後在運算其間會發生吸引、排斥乃至碰撞,這時就可根據牛頓力學和預先給定的粒子間交互作用來對各個粒子的運動軌跡進行計算,從分子動態模擬的結果來探討protein在不同環境下構形變化的過程,並從計算的結果來輔助實驗的結果。

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